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[실무가이드] 통합허가 대상 판정과 7개 업종 추가 입법예고

작성자 관리자 날짜 2026-08-31 08:26:37 조회수 3

[실무가이드] 통합허가 대상 판정과 7개 업종 추가 입법예고

안녕하세요, YES LOOP입니다.

통합허가 관련 문의 가운데 가장 앞자리에 오는 질문은 언제나 같습니다. 우리 사업장이 대상인지 아닌지입니다. 업종 코드와 배출량 숫자만 대조하면 끝날 것 같지만, 실제로는 표준산업분류 판단과 발생량 산정 방식에서 결론이 갈리는 경우가 적지 않습니다.

여기에 대상 범위 자체가 넓어지는 변화가 더해졌습니다. 기후에너지환경부는 자동차와 이차전지 등 7개 업종을 통합환경허가 대상에 추가하는 시행령·시행규칙 개정안을 2026년 8월 26일부터 10월 6일까지 입법예고했습니다. 지금까지 비대상이던 사업장도 판정 절차를 다시 밟아야 하는 상황입니다.

이번 글에서는 「통합환경관리계획서 작성요령」 개정판(2025.10)과 「환경오염시설의 통합관리에 관한 법률」을 근거로 대상 판정 절차를 단계별로 정리하고, 이번 입법예고안의 추가 업종과 적용 시기를 함께 짚습니다. 업종 요건과 규모 요건의 판단 순서, 대기오염물질 발생량 산정의 세 가지 방법, 판정 과정에서 오류가 반복되는 지점까지 다룹니다.

판정 결과는 단순한 해당·비해당 구분에서 끝나지 않습니다. 대상으로 확인되면 배출시설 설치 이전에 허가를 받아야 하고, 비대상이더라도 자발적 신청이나 사전협의라는 선택지가 남습니다. 어느 쪽이든 판정 시점이 늦어질수록 대응 여지가 좁아지는 구조입니다.

핵심 요약
판정 구조: 업종 요건과 규모 요건을 모두 충족해야 대상이 되며, 규모 요건은 대기·수질 중 하나만 넘어도 성립합니다
업종 확대: 7개 업종을 별표 1의 23~29호로 추가하는 개정안이 2026년 10월 6일까지 입법예고 중이며, 2028년 1월과 2029년 1월로 나누어 적용될 예정입니다
업종 판단: 표준산업분류 코드가 절대 기준은 아니며, 실제 제조공정과 주된 생산제품·서비스를 종합해 판단합니다
규모 기준: 대기는 먼지·질소산화물·황산화물 발생량 합계 연간 20톤, 수질은 폐수 일일 700세제곱미터입니다
발생량 개념: 방지시설을 거치기 전의 발생량 기준이며, 최종 배출량과는 다른 값입니다
신규 사업장: 배출시설 설치 전에 통합허가를 받아야 하므로 설계 단계에서 판정을 마쳐야 합니다

1. 판정 절차 한눈에 보기

판정은 네 단계를 순서대로 통과하는 구조입니다. 업종 요건에서 걸러지면 규모를 볼 필요가 없고, 두 요건을 모두 충족하면 시행일 확인으로 넘어갑니다.

단계 확인 사항 판단 기준과 다음 단계
STEP 1 업종 요건 시행령 별표 1에 열거된 업종에 해당하는지 확인합니다. 비해당이면 STEP 4로 이동합니다
STEP 2 규모 요건 대기 연간 20톤 또는 폐수 일일 700세제곱미터 중 하나를 충족하는지 봅니다. 둘 다 미달이면 STEP 4로 이동합니다
STEP 3 시행일·제외조건 업종별 시행일이 도래했는지, 단서 조항의 제외 대상에 해당하지 않는지 확인합니다. 통과하면 통합허가 대상입니다
STEP 4 선택지 검토 비대상 사업장은 자발적 신청 또는 사전협의 활용 여부를 판단합니다
참고. 업종과 규모는 ‘그리고’ 조건이지만, 규모 요건 안에서 대기와 수질은 ‘또는’ 조건입니다. 폐수 배출이 전혀 없는 사업장이라도 대기 발생량만으로 대상이 됩니다.

2. STEP 1 — 업종 요건 판단

2-1. 코드 대조만으로 끝나지 않습니다

작성요령은 이 지점을 명확히 짚고 있습니다. 통합허가 대상업종 판단에서 표준산업분류에 따른 업종 구분은 절대적인 사항이 아니며, 사업장이 영위하고 있는 제조공정과 주된 생산제품 및 서비스를 종합적으로 고려해 해당 여부를 판단해야 합니다.

실무에서 이 조항이 작동하는 국면은 두 가지입니다. 공장등록증의 업종 코드가 실제 주력 공정과 어긋나 있는 경우, 그리고 여러 업종이 함께 등록돼 있어 어느 쪽을 주된 업종으로 볼지 다툼이 있는 경우입니다. 코드만 근거로 비대상이라 결론 내린 뒤 나중에 뒤집히면 이미 설비 투자가 진행된 상태일 수 있어 손실이 큽니다.

2-2. 근거 서류별 판단 기준

사업장 유형 업종 판단 근거
공장 공장등록증명서에 등록된 모든 업종. 업종명과 표준산업분류 번호를 함께 확인합니다
공장이 아닌 경우 사업자등록증의 업태 및 종목, 배출시설허가증(신고서·신고증명서·확인증·승인서 등)상의 업종과 사업종류
공통 실제 제조공정과 주된 생산제품·서비스를 종합 고려. 서류상 코드와 다르면 실질을 우선합니다

표준산업분류 번호는 세세분류 5자리를 모두 병기하고, 10차와 11차 중 어느 차수를 적용했는지 함께 기재합니다. 허가신청 시점에서 가장 최근 분류를 참고하는 것이 원칙입니다.

2-3. 단서 조항으로 제외되는 사업장

업종에 해당해도 단서 조항으로 빠지는 경우가 있습니다. 착수 전에 반드시 확인이 필요한 지점입니다.

폐기물 처리업에만 속하는 사업장으로서 「폐기물관리법 시행령」 별표 3 제2호 가목에 따른 매립시설만 단독으로 설치된 사업장은 제외됩니다
시멘트 제조업(23311) 중 소성시설이 설치되지 않은 사업장은 제외됩니다

3. 7개 업종 추가 입법예고 (2026.8.26~10.6)

업종 요건은 고정된 목록이 아닙니다. 기후에너지환경부는 자동차와 이차전지 등 7개 업종을 통합환경허가 대상에 추가하는 「환경오염시설의 통합관리에 관한 법률」 시행령·시행규칙 개정안을 2026년 8월 26일부터 10월 6일까지 입법예고했습니다. 2026년 6월 9일 개정된 법률의 위임사항을 구체화하고, 국회 국정감사 지적사항과 경제단체·중소기업계의 규제 개선 건의를 반영한 내용입니다.

현행 시행령 별표 1은 22개 호로 구성돼 있습니다. 개정안은 여기에 23호부터 29호까지 7개 호를 더해 총 29개 호, 업종 수로는 27개로 확대합니다. 2017년 시행 이후 2024년까지 19개 업종 1,370개 사업장이 통합허가를 받았습니다.

3-1. 추가되는 7개 업종

보도자료 약칭과 개정안 조문의 업종명이 다른 항목이 있습니다. 자사 해당 여부는 아래 조문상 명칭과 분류번호를 기준으로 확인하셔야 합니다.

업종명(분류번호) 적용 시기
23 비알코올 음료 및 얼음 제조업(112) 2028년 1월 1일
(96개 사업장)
24 동·식물성 유지 및 낙농제품 제조업(104)
25 기타 식품 제조업(108)
26 자동차용 엔진 및 자동차 제조업(301) 2029년 1월 1일
(87개 사업장)
27 일차전지 및 이차전지 제조업(282)
28 유리 및 유리제품 제조업(231) 중 판유리 제조업(23111)
29 고무제품 제조업(221)

보도자료가 ‘이차전지 제조업’으로 줄여 쓴 27호는 조문상 일차전지를 함께 포함하며, ‘비알코올 음료 제조업’으로 표기된 23호에는 얼음 제조업이 들어갑니다. 26호 역시 완성차뿐 아니라 자동차용 엔진 제조를 포괄합니다. 약칭만 보고 비해당으로 판단하면 누락이 생기는 구조입니다.

시행일을 두 갈래로 나눈 배경은 업계 준비기간과 최적가용기법 기준서 개발 상황입니다. 기존 사업장에는 4년의 허가 유예기간이 부여될 예정이므로, 2028년 적용 업종은 2032년까지, 2029년 적용 업종은 2033년까지 허가를 받으면 됩니다.

참고. 위 내용은 입법예고 단계의 개정안입니다. 업종 범위와 시행일은 의견수렴 및 심사 과정에서 변동될 수 있으므로, 최종적으로는 공포된 개정 시행령을 기준으로 다시 확인하셔야 합니다.

3-2. 기존 업종도 범위와 명칭이 조정됩니다

신규 편입 업종만 확인하고 넘어가면 놓치는 부분이 있습니다. 개정안 별표에는 기존 호의 세부 목 명칭과 분류번호가 현행과 달라진 항목이 다수 포함돼 있습니다. 이미 대상이거나 대상 경계에 있던 사업장도 자사 호의 기재 내용을 새로 대조해야 합니다.

11호 기타 화학제품 제조업: 바이오 연료 및 혼합물 제조업(20495)이 목에 포함되고, 도료·계면활성제·화장품 등의 분류번호가 조정됐습니다
12호: 호 명칭이 비료, 농약 및 살균·살충제 제조업(203)으로 바뀌면서 살균·살충제 및 농약 제조업(2032)이 함께 묶였습니다
13호 펄프·종이 및 판지: 골판지 원지 제조업(17104)과 위생용 원지 제조업(17106)이 목에 들어갔습니다
15호 전자부품: 평판 디스플레이가 표시장치 제조업(2621)으로 바뀌고, 인쇄회로기판이 적층판·경성·연성으로 세분화됐으며 전자감지장치 제조업(26294)이 추가됐습니다
5호·21호 등: 합성고무 및 플라스틱 물질 제조업의 분류번호, 자동차 신품 부품 제조업의 명칭 등도 조정 대상에 포함됩니다

3-3. 연간 보고서 작성 대행 기준 신설

개정 법률로 통합허가대행업자가 사업장의 연간 보고서 작성을 대행할 수 있게 되면서, 필요한 기술인력과 시설·장비 기준이 구체화됐습니다.

구분 내용
기술인력 통합허가대행업 등록에 필요한 기존 기술인력 5명 이상과 별도로, 연간 보고서 작성대행 기술인력 2명 이상을 갖추어야 합니다
거짓 작성 1차 영업정지 6개월, 2차 등록취소
부실 작성 1차 경고, 2차 영업정지 3개월, 3차 영업정지 6개월, 4차 등록취소
정기검사 주기 대행업자가 허가배출기준·허가조건 이행 여부를 자체점검해 연간 보고서에 담고 유역(지방)환경청 평가에서 우수로 인정되면, 현행 1~3년에서 1~5년으로 연장할 계획입니다

사업장 입장에서 이 조항은 대행업체 선정 기준이 달라진다는 의미입니다. 연간 보고서 작성까지 맡기려면 대행업체가 별도 인력 요건을 갖췄는지 확인해야 하고, 자체점검 결과의 품질이 정기검사 주기에 직접 연결됩니다.

3-4. 부담 완화와 행정처분 차등화

발전업종: 급전지시로 발전설비가 급정지하거나 재가동되는 과정에서 배출농도가 허가배출기준을 일시적으로 초과하면 초과배출부과금을 감면합니다
중소기업 관리인: 상시근로자 50인 미만 중소기업은 통합환경관리인 교육을 이수한 환경 분야 8년 이상 경력자를 자격요건 미충족 시에도 선임할 수 있습니다
중견기업 전환: 중소기업이 중견기업으로 전환되어도 1년까지는 통합환경관리인 선임에서 중소기업과 동일한 규정을 적용받습니다
행정처분: 배출시설등·방지시설의 설치·관리 및 조치기준 위반 벌칙(2년 이하 징역 또는 2천만 원 이하 벌금)이 삭제된 개정 법률에 맞춰, 행정처분도 위반 경중에 따라 차등화됩니다

행정처분 차등화는 실무 부담과 직결됩니다. 현행은 조치명령 미이행 시 1차 조업정지, 2차 허가취소로 일괄 적용되지만, 개정안은 위반 유형별로 나눕니다. 휘발성유기화합물 관련 기준과 비산배출시설 시설관리기준 미이행은 조업정지 10일에서 시작해 단계적으로 올라가고, 비산먼지는 사용중지, 비점오염저감시설은 저감시설 설치명령 또는 개선명령으로 처분 유형 자체가 달라집니다.

신규 편입 예정 업종의 사업장이라면 지금이 판정 착수 시점입니다. 입법예고 기간에 개정안 조문을 검토해 자사 공정이 대상 범위에 들어가는지 확인하고, 필요하면 의견을 제출할 수 있습니다.

4. STEP 2 — 규모 요건 판단

규모 요건은 두 가지이며, 둘 중 하나만 충족해도 대상이 됩니다.

매체 기준 대상 물질·유의점
대기 발생량 합계 연간 20톤 이상 먼지, 질소산화물, 황산화물 3종의 합계입니다. 다른 대기오염물질은 합산 대상이 아닙니다
수질 일일 700세제곱미터 이상 배출 「물환경보전법」 제2조제4호의 폐수가 기준입니다

"대기오염물질중 먼지, 질소산화물, 황산화물 발생량의 합계가 연간 20톤 이상인 사업장"

— 통합환경관리계획서 작성요령 개정판(2025.10), 계획서 제출대상

여기서 주의할 단어는 ‘배출량’이 아니라 발생량입니다. 방지시설을 거쳐 최종적으로 나가는 양이 아니라, 방지시설 이전 단계에서 생성되는 양을 뜻합니다. 방지시설 효율이 높은 사업장일수록 두 수치의 격차가 크고, 이 차이를 놓치면 비대상으로 오판할 여지가 생깁니다.

5. 대기오염물질 발생량 산정 방법

작성요령은 발생량 산정에 세 가지 방법을 제시하며, 적용 순서가 정해져 있습니다.

순서 방법 적용 조건
배출계수 「대기환경보전법 시행규칙」 별표 10에 따릅니다. 국립환경과학원장이 고시하거나 인정한 계수를 포함합니다
실측 방지시설 전단에서 측정합니다. 전단측정이 불가능하면 후단에서 측정한 뒤 방지시설 효율로 역산합니다
이론적 산정 ①과 ②가 모두 불가능한 경우에 한합니다. 국립환경과학원 고시(제2015-09호) 제6조 제3호에 따라 산정해 행정관청의 인정을 받습니다

5-1. 실측 방식의 세부 조건

전단측정 불가의 정의: 대기오염공정시험기준에 적합한 측정구를 설치할 수 없는 경우, 시료채취가 곤란한 경우, 전단 측정구가 없는 경우를 말합니다
측정 이력 요건: 최근 2년 이내에 최근 2회 이상 실측한 평균 농도 값을 적용합니다
우선 적용 자료: 최근 2년 이내 국가 및 지방자치단체의 측정 결과가 있으면 그 측정값을 우선합니다
유량 기준: 배출가스 유량은 대기배출시설이 최대로 가동될 경우의 배출가스량을 씁니다

마지막 항목이 판정 결과를 뒤집는 일이 잦습니다. 평시 가동률 기준으로 계산하면 20톤에 미달하지만 최대 가동 기준으로는 초과하는 사업장이 실제로 존재합니다. 산정 근거를 남길 때 어느 가동 조건을 적용했는지 명시해 두시길 권합니다.

이론적 산정은 신규 시설이라 배출계수가 없거나 방지시설 설치의무가 면제된 사업장에 적용됩니다. 오염물질 배출량 예측내역서 또는 방지시설 설계 시 산정한 최대배출가스유량과 방지시설 전단 농도로 산출하며, 관할 행정기관이 인정할 수 있는 객관적 자료를 함께 제출해야 합니다.

6. STEP 4 — 비대상 사업장의 선택지

요건에 해당하지 않아도 두 가지 경로가 열려 있습니다. 첫째는 법 제6조에 해당하지 않는 사업장이 자발적으로 통합허가를 신청하는 방식입니다. 둘째는 법 제5조 및 시행규칙 제3조에 따른 사전협의입니다.

사전협의로 다룰 수 있는 사항은 네 가지로 정해져 있습니다.

배출시설등 및 방지시설의 운영 계획에 관한 사항
배출영향분석에 관한 사항
사후 모니터링 및 유지관리 계획
환경오염사고 사전예방 및 사후조치 대책

증설 계획이 있어 향후 요건을 넘을 가능성이 있는 사업장이라면, 설계 단계에서 사전협의를 활용해 배출영향분석 방향을 미리 확인하는 편이 이후 부담을 줄입니다.

7. 판정 과정에서 반복되는 오류

7-1. 신규 사업장의 시점 오판

신규 사업장은 반드시 배출시설 설치 전에 통합허가를 받아야 합니다. 설비를 들여놓은 뒤 허가를 신청하는 순서로는 진행되지 않습니다. 판정을 착공 이후로 미루면 일정 자체가 성립하지 않으므로, 설계 단계에서 대상 여부를 확정해야 합니다.

7-2. 폐수 전량 재이용 사업장의 허가증 반납

기존 사업장의 폐수배출시설이 물환경보전법상 제외 사항에 해당하지 않으면서 폐수가 전량 재이용되는 경우, 기존 인허가 기관별로 폐수배출시설허가증을 반납하는 사례가 있습니다. 작성요령은 향후 재이용 등에 대한 모니터링을 위해 허가증을 반납하지 않도록 유의할 것을 명시하고 있습니다.

7-3. 소규모 동종시설의 합산 누락

개별법에 따른 배출시설 규모 미만의 동종시설이 2개 이상 설치된 경우, 그 시설의 총 규모가 법적 배출시설 규모 이상이면 배출시설에 포함됩니다. 개별 시설만 놓고 판단하면 누락이 발생하는 구조이므로, 시설 목록을 동종별로 묶어 총량을 확인하셔야 합니다.

7-4. 허가재검토 대상의 재산정 의무

이미 통합허가를 받은 사업장도 판정 작업에서 자유롭지 않습니다. 허가재검토 대상 사업장은 통합허가 이후의 운영데이터에 근거해 발생량 및 배출량을 다시 산정해야 합니다. 최초 허가 당시의 설계값을 그대로 옮겨 적는 방식은 인정되지 않습니다.

8. 시사점

적용 대상: 현행 별표 1의 22개 호에 해당하는 사업장, 이번 개정안으로 세부 목이 조정된 기존 호의 사업장, 그리고 23~29호로 신규 편입되는 7개 업종 사업장입니다
적용 시점: 신규는 배출시설 설치 이전입니다. 추가 예정 업종은 2028년 1월 또는 2029년 1월 시행에 기존 사업장 4년 유예가 더해지나, 확정 전이므로 공포문 확인이 필요합니다
직·간접 영향: 대상 판정은 허가 일정과 투자 계획의 출발점입니다. 판정이 늦어지면 설비 발주와 허가 절차가 충돌합니다
데이터·내부통제 리스크: 발생량 산정 근거(배출계수 출처, 실측 성적서, 가동 조건)를 문서로 남기지 않으면 판정 재현이 불가능합니다. 산정 방법과 적용 데이터의 이력 관리가 필요합니다
대응 우선순위: 입법예고안 편입 여부 확인 → 업종 실질 판단 → 발생량 산정 방법 확정 → 최대 가동 기준 재계산 → 단서 조항 확인 순으로 진행하시길 권합니다

9. YES LOOP 대응 지원 방안

대상 판정 진단: 업종 실질 판단과 발생량 재산정을 통해 대상 여부를 문서로 확정해 드립니다
입법예고 대응: 추가 편입 예정 업종 사업장의 영향 검토와 의견 제출을 지원합니다
발생량 산정: 배출계수·실측·이론적 산정 중 사업장 여건에 맞는 방법을 선정하고 근거자료를 구축합니다
사전협의 지원: 비대상 또는 증설 예정 사업장의 사전협의 신청과 협의 대응을 담당합니다
허가 일정 설계: 판정 결과를 바탕으로 설계·발주·허가 일정을 충돌 없이 배치합니다

대상 판정은 통합허가 대응의 첫 단계이자, 이후 모든 일정의 기준점입니다. 업종 코드와 배출량 숫자를 단순 대조하는 방식으로는 실질 판단과 최대 가동 조건이라는 두 변수를 걸러내기 어렵습니다. 이번 개정안으로 편입이 예정된 식품·음료·자동차·전지·판유리·고무 업종이라면, 의견 제출 기간이 남아 있는 지금 영향 범위를 확인해 두실 필요가 있습니다. 대상 판정이나 개정안 대응이 필요한 기업은 아래 연락처로 문의해 주시기 바랍니다.

환경 규제 대응부터 지속가능경영 전략까지, YES LOOP가 함께합니다.
02-6952-9669  |  yes@yes-loop.com
출처 및 참고자료
1) 기후에너지환경부, 「통합환경관리계획서 작성요령」 개정판(2025.10), 배포 파일 판본 251103
2) 「환경오염시설의 통합관리에 관한 법률」 제5조·제6조 및 같은 법 시행령 별표 1, 시행규칙 제3조·제6조 — https://www.law.go.kr
3) 기후에너지환경부 통합허가제도과, 「통합허가 대상 넓히고 우수·중소기업 부담은 줄인다」 보도자료 및 붙임 2·3, 2026. 8. 23. — 대한민국 정책브리핑
4) 국립환경과학원, 통합환경허가시스템 — https://ieps.nier.go.kr